Sotto la cantoria a destra, in una cornice di stucco, e il famoso quadro (olio su legno) La Beata Vergine al tempio con S. Tommaso di Canterbury (1530 circa, cm. 180 x 140) di Girolamo da Treviso (1499-1549, ovvero 1508-1544).
L’opera era già presente nella chiesa vecchia dei Canonici; l'autore, nell'eseguirla, si ispirò al dipinto che era oggetto di devozione fin dal tempo in cui esisteva la cappella degli studenti inglesi.
II quadro raffigura, a destra, in piedi, S. Gioacchino, in veste rossa, e S. Anna, in veste nera e velo bianco; dietro sono visibili tre donne, di profilo; ancora a destra, in basso, e inginocchiato S. Tommaso Becket, Arcivescovo di Canterbury, con il piviale. Al centro, con ampia veste gialla e un cero in mano, e la Vergine in atto di salire una scala, alla cui sommità attendono, tra due colonne, tre sacerdoti.

L’ORGANO COLONNA - DAL CORNO DI S. SALVATORE

L’Organo in cornu Epistolae, collocato in tribuna, vicino alla sacrestia, fu costruito dai due famosi organari Vincenzo Colonna e Antonio Dal Corno
Colonna tra il 1620 e il 1621, come testimonia ii libro dei lavori e delle spese per la costruzione della Chiesa: "...lire 200 dati alli Mag.ci M∞ Vincenzo Colon(n)a et Antonio Da(l) Corno Mastri d'organi et q.ti à buò(n) co(n)to dell'organo nuovo, che hanno da fare nella chiesa nuova" (Arch. di Stato di Bologna, fondo demaniale).
Le numerose date, firme e frasi scritte su ogni parte dello strumento facilitano la ricostruzione della lunga storia che registra vari interventi e modifiche. Negli ultimi decenni l'organo restò muto e in condizioni precarie, ma per interessamento del Centro Culturale e Spirituale di S. Salvatore, i Canonici lo rimisero in condizioni di inondare le volte del sacro tempio con le sue dolci melodie.
Collocazione: nel transetto a destra dell'altare maggiore verso la sacrestia, a 8 metri dal pavimento. E' rivolto verso il popolo. Vi si accede dalla canonica.
Cassa e prospetto: frontespizio ligneo finemente intagliato e indorato, opera di Francesco de Martini, con motivi ornamentali solenni e struttura imponente, incassata nel muro.
Decorazione esterna e indoratura del prospetto: e opera di Nicolò Abbati. Nel sottofondo si vede, tramite le numerose incisioni e scritture l'antica tempera color blu.
Facciata di 25 canne del Principale, in stagno, originali, suddivise in tre campate a cuspide; labbro superiore "a mitriaî.
La tribuna lunga m. 5,70, profonda cm. 70. L’altezza del parapetto è poco più di un metro, munito di 7 pannelli lignei ornamentali di varie grandezze.
    
     Tastiera: unica, di 49 tasti (D01 - D05) realizzati in legno, quelli diatonici
     ricoperti di osso e i cromatici in ebano. Sotto la tastiera vi e un fregio ligneo con  volute. L’attuale tastiera, più piccola, risale al XIX secolo.
 

Pedaliera a leggio, di 18 tasti (DOl- RE2) uniti alla tastiera; aziona i primi 8 ventilabri del somiere maestro. Il tasto estremo di destra aziona il rollante. E' assemblata con materiale originale. Basseria: 8 canne basse + 4 del, rollante in accordo di SOL.
Registri: azionati da manette a movimento verticale, con incastro a destra, disposti in due file orizzontali, quattro nella prima fila e 8 nella fila sottostante, a destra della tastiera. Le 12 manette sono corredate di targhette in rilievo disposte su due file, fissate con chiodi a borchia sulla cassa. Cartellini a stampa, su due strati.
La composizione fonica: Principale, Ottava, Quintadecima, Decimanona,
Vigesimaseconda, Vigesimasesta. Trigesimaterza (ora sostituita dal registro viola soprani, di fattura tedesca), Flauto in ottava, Flauto in XII∞, Voce umana. Accessori: manetta per Rollante (o tuono), a incastro verticale, posta sotto i registri; manetta per mezzo forte. Comando a pedale per Tiratutti, collocato a destra della pedaliera, nella parte interna. Sono state rilevate tre combinazioni, due originali e una recente. Probabilmente inseriva il ripieno in tre parti: mezzo forte, forte, fortissimo. Il tremolo ha avuto varie modifiche; era inserito con una manetta che originariamente azionava alcune combinazioni; ora è azionato a pedale. Leggio fisso incastrato nella cassa; copri-tastiera in legno dell'epoca, mobile. Somiere maestro "a tiro" (53 canali e 57 ventilabri) con scorrimento a stecche costruito in legno di noce; le coperte fissate con spine in legno e guide in ottone passanti, la chiusura della parte sottostante è a tasselli. Il somiere parziale, è con un ventilabro e quattro canne per Rollante.
Crivello di cartone.
Catenacciatura originale, con numerazione antica.
Canne: in legno le prime 4 del Principale e 11 della pedaliera; in stagno quelle di facciata; in lega le interne. Quelle maggiori e della Voce Celeste sono in zinco. Corista : 445 vibrazioni.
Alimentazione: fornita di due mantici a cuneo, originali, con unica tavola di abete, muniti di stanghe e corde di canapa per l'azionamento manuale, sistemati in apposito locale, con due quadri di marmo per contrappeso. Elettro- ventilatore, con due condutture di legno; motore Marelli a cuscinetti, risalente agli anni 1950.

 
Locale annesso: ricavato nello spessore del muro maestro. Le fiancate e il soffitto della cassa armonica sono di muratura, mentre ii fondo e in canniccio intelaiato con tavole di abete; tutte le pareti sono in rosso minio pompeiano dell'epoca. La porticina di accesso, sul piano della terrazza della canonica, per-mette di accedere al piano inferiore (vano dell'elettroventilatore).
Restauri e modifiche: alcuni interventi interessano anche la parte fonica dell'organo. Hanno messo mano, oltre ai costruttori, ripetutamente: Francesco Traeri (a cavallo dei secoli XVII-XVIII), i fratelli Rasori di Bologna (1849), Adriano Verati (1899) che vi aggiunse il Rollante. A Carlo Farina (1947) e Vasco Battani (1951) sono imputabili la sostituzione di 5 canne originali in lega dell'Ottava con altre di zinco, della Trigesimaterza con la Voce Celeste. Nel 1951 il maestro Tagliavini scriveva: "Nella chiesa del SS. Salvatore e stata compiuta un'azione che oseremmo chiamare reato: interi registri di mutazione del meraviglioso organo secentesco sono stati indiscriminatamente asportati per cedere il posto a una "celeste" di pessima qualità oltre che superflua ed estranea al carattere dell'organo che già possedeva una toccante voce umana....".
Situazione attuale: il cattivo stato di conservazione, il pessimo funzionamento, il disagio per l' accesso, la difficile utilizzazione per accompagnare i canti liturgici, la necessita di un radicale restauro hanno indotto i Canonici a tralasciare l'uso del " re degli strumenti musicali " , in favore di un armonium collocato in coro.
Dopo un primo e affrettato intervento, nell'anno 1998, per ridare vita allo strumento, e stato avviato un intervento conservativo e di manutenzione straordinaria per la pulizia e accordatura dell'organo. Un vero e proprio restauro richiederà un approfondito studio delle variazioni e dei restauri effettuati lungo i secoli e sagge decisioni per ridare allo strumento una sua fisionomia definitiva, che sia la sintesi della sua identità storica.
Numerose sono, lungo i secoli, le documentazioni di Canonici organisti, compositori e musicisti (Artusi, Canali, Caprioli, Cavalieri, Clinio, Giachettini, Pesaro, Possenti, Scarselli, Serra, Ziani...) e valenti maestri di cappella (Grandi, Predieri, Ferrari, Gibelli...) o cantori in S. Salvatore.

L’acquasantiera, vicino alla porta laterale, scolpita in marmo bianco e rosso veronese, è cinquecentesca. La base è quadrangolare, il fusto di color bianco, ha forma di fuso ed è interamente scolpito con festoni di frutta, ovuli, uccellini che beccano grappoli, quattro testine d'angeli; la tazza, di rosso veronese, è decorata di palmette.